SSPACE是一个常用的Scaffolding软件.当你有新的测序数据时,你可以使用SSPACE将原有的contigs延长,scaffolding等.
在Ubuntu 14.04系统中运行该软件v3.0会出现错误.谷歌也没有发现好的解决方法,最终通过研究源代码,发现这是一个简单的问题,修订源代码之后,终于能够成功运行.
两处修订如下:
[cc lang=”perl”]
#~ require “getopts.pl”;
use Getopt::Std;
[/cc]
[cc lang=”perl”]
#~ &Getopts(‘m:o:v:p:k:a:z:s:b:n:l:x:T:g:r:S:’);
getopt(‘m:o:v:p:k:a:z:s:b:n:l:x:T:g:r:S:’);
[/cc]